История коллектива, как и история МГУ, является частью общей истории войны и победы. Например, С.В. Попов, руководивший хором с 1937 года, принимал участие в народном ополчении Москвы. В связи с уходом на фронт или работой в трудовом тылу почти всех хористов в 1942-43 гг. коллектив практически не выступал. Репетиции продолжились лишь в 1944 году.
На первых послевоенных снимках можно заметить ребят в гимнастёрках: возвращавшиеся фронтовики продолжали обучение в университете и возрождали его культурную жизнь.
Данью памяти всем хористам — участникам войны Академический хор МГУ ежегодно много выступает перед Днем Победы. В 2005 году на юбилее Победы хор участвовал в театрализованном мероприятии на Красной площади, в Рязани — в концертах ко дню Победы 2010 году. В 2019 году хор тепло принимали в Австрии, у мемориала воина-освободителя в Вене.
