Книга памяти музея содержит запись о том, что уже в марте 1942 г. для ограниченного посещения был открыт второй этаж музея. На нем помимо основной экспозиции были развернуты временные выставки «Юбилейная выставка, посвященная Ч. Дарвину», «Покровительственная окраска у животных и военная маскировка», «Вошь и ее биология». С осени 1942 г., когда началась регулярная работа столичных школ, музей посещали организованные группы школьников, сотрудниками музея вновь читались лекции. Уже в 1943 г., почти за два года до окончательной победы, зримым символом веры людей науки в скорую победу над фашизмом в Москву вернулись эвакуированные коллекции…