Летом 1941 г. перешел на 5 курс МГУ и был на преддипломной практике в Черновцах на западной границе нашей страны. Работал в отряде «Спецгео», который вел геологическую съемку на Западной Украине, из которой вышли небезызвестные военно-геологические отряды, их работы очень способствовали Победе.
С 24 июля 1941 г. служил в РККА. Обучался в летних лагерях училища при Военно-политической академии им. В.И. Ленина. 21 сентября был ранен осколками в голову, до 2 января 1942 года был в госпитале. После излечения стал начальником службы горюче-смазочных материалов на войсковой аэродром Северо-Западного фронта.
«В конце 1943 года инспектировать руководителя службы горюче-смазочных материалов аэродрома приехал майор. Отца не было на месте, майор зашел в его землянку и там увидел учебник по литологии — отец ушел на фронт студентом, некоторые книжки у него были с собой. Майор заинтересовался, дождался отца, они разговорились. Майор оказался геологом, это был будущий академик Юрий Александрович Косыгин. В конце 45-го года Косыгин стал исполняющим обязанности директора ГИНа, и в декабре 1945 года Ю.А. Косыгин подписывал заявление Юрия Пущаровского о приеме на работу в Геологический Институт, куда отец пришел наниматься после демобилизации. Крепкая дружба связывала их до последних дней.»
Участник Парада Победы на Красной Площади 24 июня 1945 года.
Дмитрий Юрьевич Пущаровский, декан Геологического факультета, об отце